Ocupou-se desde a mocidade com estudos históricos. Formou- na Faculdade de Direito de São Paulo. Na época era colaborador assíduo do Correio Paulistano onde assinava artigos de crítica literária e política internacional.
Durante algum tempo trabalhou como adido na delegação brasileira em Londres. Conheceu diversos países europeus e também o Egito. Dessas viagens daria observações no livro Viagens, publicado em Paris em 1886.
Monarquista convicto, era amigo do Barão do Rio Branco, colaborando da edição de Le Brésil en 1889, obra publicada por ocasião da Exposição Internacional de Paris, comemorativa do centenário da Revolução Francesa.
Travou amizade com os escritores portugueses Eça de Queirós, Ramalho Ortigão e Oliveira Martins, que pertenciam ao famoso grupo dos Vencidos da Vida.
Com a proclamação da República no Brasil em 15 de novembro de 1889 passou a combater, em livros e jornais, os atos praticados pelo governo republicano. Eça de Queirós, diretor da Revista de Portugal, abriu-lhe as páginas da publicação, para uma série de artigos com o pseudônimo de Frederico de S. e que seriam reunidos em livro com o título de Fastos da Ditadura Militar no Brasil. Colaborou, também, em A Década Republicana, obra em que colaboraram os mais destacados monarquistas brasileiros.
Foi Eduardo Prado um dos fundadores da Academia Brasileira de Letras, na qual ocupou a cadeira nº 40, cujo patrono é o Visconde do Rio Branco. Pertenceu, igualmente, ao Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, na qualidade de sócio correspondente.
Combateu a ingerência dos Estados Unidos na América Latina, lançando um livro polêmico, A ilusão americana, cuja primeira edição, de 1895, foi apreendida pelo Governo brasileiro.
Severas críticas às alterações feitas pelos republicanos na bandeira do país, fazem parte do livro Bandeira Nacional.
Dedicou-se a estudos históricos, tendo publicado estudos sobre Anchieta.
Ronald de Carvalho, na sua Pequena História da Literatura Brasileira considerou Eduardo Prado “um dos publicistas que melhor compreenderam esta situação de pequenas tiranias organizadas, a que ficou reduzido o nosso país, depois que a República o dividiu em vários Estados interligados”.
Viveu em Paris, primeiro na Rue Casimir Perrier e depois na Rue de Rivoli, e nos últimos anos de vida morou na Fazenda do Brejão, no interior paulista.
Alguns amigos indicam a figura de Eduardo Prado como modelo do Jacinto, personagem de A Cidade e as Serras, de Eça de Queirós, o milionário enfastiado pelos confortos da civilização e que vai terminar os seus dias na quietude das serranias portuguesas de Tormes.