A história de X-men Noir se passa na Nova York de 1937 e apresenta personagens como Jean Grey, Professor X, Magneto, Vampira, Gambit e muitos outros envolvidos, claro, em uma teia de intrigas tão emaranhada quanto a dos melhores contos policiais.
Charles Xavier, por exemplo, se encontra em uma cela no começo da história e se pergunta o que planejam seus ex-alunos da "Escola Xavier para a Juventude Excepcionalmente Transviada" agora que Jean Grey - uma de suas "aberrações" - está morta.