Margaret nasceu em 1828, em Wallyford, no condado de East Lothian, perto de Edimburgo. Era filha do clérigo local, Francis W. Wilson (c. 1788 – 1858) e sua esposa, Margaret Oliphant (1789 – 1854). Passou a infância em Glasgow e Liverpool. Sua mãe fazia questão de que sua filha soubesse ler e fosse versada em literatura, o que a fez receber mais instrução do que as mulheres normalmente recebiam na época.
Em 1852, casou-se com seu primo, o artista Frank Wilson Oliphant e o casal se estabeleceu em Camden. Frank trabalhava principalmente com vitrais, em especial para igrejas e residências. O casal teve seis filhos, mas três morreram ainda na infância. Devido à doença de Frank, a família se mudou para a Itália em busca de ares mais quentes e frescos, mas ele morreu apenas sete anos depois devido à tuberculose em Roma. Margaret acabou sozinha, com três crianças pequenas em casa e um monte de dívidas.
No século XIX existiam poucos empregos e carreiras disponíveis para mulheres. Assim, a escrita acabou sendo uma saída elegante, onde ela podia trabalhar de casa e assim cuidar dos filhos. Foi uma escritora extremamente prolífica, tendo produzido dezenas de trabalhos, sendo que uma produção tão grande poderia pecar pela qualidade em alguns momentos e ela provavelmente escreveu tanto por precisar do dinheiro. Ainda assim, foi uma das mais importantes escritoras da Era vitoriana.