Três anos se passaram desde o “Grande Incidente” em que as posições de Boruto e Kawaki foram invertidas. O Dez-Caudas controlado pelo Code evolui para uma "Árvore Divina" com autoconsciência e se torna uma nova ameaça para o mundo. Sasuke também é absorvido pela "Árvore"... Boruto retorna para a aldeia novamente, mas Mitsuki o ataca de repente...!?
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