O Discurso do Método de Descartes está dividido em seis partes, e possui uma breve introdução. Nesta, Descartes já enfatiza a divisão do livro e explica o que o leitor encontrará em cada uma das seis partes: na primeira, diversas considerações sobre a ciência; na segunda, as principais regras para a prática científica; na terceira, algumas das justificativas do método; na quarta, as provas da existência de Deus e da alma humana, fundamentos da metafísica; na quinta, Descartes faz algumas aplicações do método a questões físicas e relativas à medicina; também as particularidades da alma humana; na sexta, as razões que o levaram a escrever o tratado e aquilo que Descartes acredita ser essencial para o progresso do conhecimento.
Filosofia