Ghost in the Shell se passa depois de 2029, marcado pelo surgimento de uma nova tecnologia que permite a fusão do cérebro à computação, à rede mundial.
O ambiente de Ghost in the Shell é cyberpunk ou pós-cyberpunk, porém o autor foca mais nas ramificações éticas, filosóficas e sociais da fusão em massa da humanidade com a tecnologia, o desenvolvimento da inteligência artificial e a onipresença da rede de computadores como uma oportunidade para reavaliar assuntos como a identidade pessoal, a singularidade da consciência e o aparecimento do trans-humanismo.
O filme, séries e mangá derivados cobrem histórias policiais nas investigações da Comissão Nacional Japonesa de Segurança Pública, Seção 9, especializada no combate a crimes perpetrados com uso da tecnologia.
A protagonista é Kusanagi Motoko, apelidada de Major. Apesar de em tese não haver uma diferença hierárquica entre os membros da equipe, Kusanagi tem a a função de líder tática da Seção 9. O apelido vem da sua época nas forças armadas. Ela tem capacidades sobrehumanas devido a seu corpo cyborg ser especializado para atividades táticas. Apenas o cérebro e um segmento do cordão espinhal são orgânicos.