Lan Hikari ao completar 10 anos, recebe um NetNavi chamado MegaMan.EXE que foi feito por seu pai com o DNA extraído de seu irmão Hub que morreu muito jovem.
Megaman e Roll conseguem controlar o vírus que controlava o trem, mas não há mais tempo pra pará-lo! E agora, o que o Lan irá fazer?
A editora Conrad cancelou a sua produção pelos baixos índices de vendas.