Em 1883, Edward Grey, o investigador de fenômenos sobrenaturais a serviço da Rainha Vitória, perseguiu e matou um poderoso warlock e seus guardiões. Após a ferrenha batalha, o navio dos demonistas afundou nas proximidades da ilha de Saint-Sébastien.
Em 1981, o mais novo agente do serviço ativo do Bureau de Pesquisas e Defesa Paranormal é enviado para resgatar das profundezas os restos mortais do feiticeiro. Contudo, Abe Sapien ainda não está preparado para as forças arcanas que atuam na região do naufrágio.
Com texto do premiado Mike Mignola e a assombrosa arte de Jason Shawn Alexander, Abe Sapien: Os Afogados conta a história da primeira missão individual do brilhante Abe Sapien, o melhor amigo e ex-parceiro do Hellboy.