A história Homem-Aranha e Batman - Mentes Desequilibradas estabelece um pararelo, entre o Batman e Homem-Aranha, pelo fato de, ambos carregarem o mais sombrio sentimento de culpa, pelos assassinatos, de seus familiares. Agora eles precisam unir forças contar o mal combinado de seus mais terríveis inimigos: o Coringa e o simbionte sanguinário Carnificina. Antes que a batalha termine, tanto o Homem-Aranha quanto o Homem-Morcego terão que confrontar seus mais profundos e ocultos medos interiores.