100% Morango conta a história de Manaka Junpei, um estudante ginasial cujo objetivo é entrar no Colégio Izumisaka, famoso por seu clube de cinema. Seu sonho é se tornar um grande diretor de filmes. Certo dia, enquanto Junpei seguia pensando na vida, indo para o terraço de sua escola, uma garota despenca na sua cabeça. Com a queda, a calcinha da menina fica à mostra e Junpei repara que ela é repleta de estampas de moranguinhos. A partir daí a história se desenrola com Junpei conhecendo diversas garotas com as quais ele começa a conviver, mas tem dificuldades e não consegue escolher qual a melhor delas, pois cada uma tem um pouquinho daquilo que ele gosta em uma garota.