Anos se passaram desde que o Assassino Nikolai Orelov fugiu da Rússia para começar uma nova vida, deixando a Irmandade para trás. Mas abandonar o passado não é uma missão fácil, e conhecidos antigos ressurgiram para se certificar se ele continuava leal... ou não. Aliados se tornaram inimigos na medida em que Orelov foi obrigado a lutar pela sua liberdade e transferir o seu legado Assassino para seu próprio filho.
Enquanto isso, quase um século depois, Daniel Cruz, descendente da família Orelov, foi despertado em um laboratório da Abstergo e deve chegar a um acordo com o grupo devido à sua importante contribuição para a catastrófica desintegração da Ordem dos Assassinos. Novas ligações foram consideradas e ele foi enviado para recuperar uma peça de inteligência vital de uma câmara secreta localizada sob Moscou - a informação conduzirá os Templários a um alvo significativo.