"Shinji está abalado com a conversa que teve com o pai, mas logo precisará entrar em combate juntamente com Asuka e Rei, que se empenham para derrotar o Anjo. Junto com Misato e Kaji, Shinji encontra adão dentro da NERV - o primeiro Anjo foi crucificado. Kaji fala sobre o projeto de aperfeiçoamento da humanidade, e Shinji sente que está envolvido em algo muito maior do que imaginava."
Na virada do milênio, um meteoro caiu na Terra, exterminou uma grande parte da população mundial e causou alterações drásticas no clima e na rotação do planeta. Como catástrofe e conspiração são palavras que sempre andam lado a lado, o povo é enganado. O tal meteoro sequer caiu sobre a Terra. O que as pessoas batizaram como segundo impacto(uma referência ao evento similar que, supostamente, extinguiu os dinossauros do planeta, há milênios) foi, na verdade, o despertar de uma misteriosa criatura, chamada de Anjo.
O problema é que, 15 anos depois, os Anjos atacam Tokyo-3, a cidade-fortaleza que se tornou o principal centro de defesa da população japonesa. Os únicos capazes de detê-los atendem pelo nome EVA. São gigantescos robôs desenvolvidos pela Nerv, uma organização militar a serviço das Nações Unidas. Mas estas verdadeiras máquinas de combate só funcionam se forem pilotadas por crianças com dons especiais.