A partir desta edição de Samurai X, você só vai conferir aventuras inéditas de Kenshin. E a nova fase começa a todo vapor. Depois de vencer o diabólico Makoto Shishio, Kenshin passa um tempo em Kyoto, tratando das feridas que sofrera nas batalhas. Recuperado, chega a hora de ele e de toda a turma do Dojo Kamiya voltarem para Tóquio. Porém, o breve momento de paz que estão vivenciando está para ser quebrado bruscamente. Chega da China, Enishi Yukishiro, que traz na mala um enorme desejo de vingança contra Kenshin. Qual será a relação de Battousai com esee sinistro sujeito de sotaque esquisito?